U Estonije uspostavljena je neprekinuta zračna komunikacija sa regijama unutar svoje zemlje i s mnogim svjetskim metropolama i velikim gradovima. Neke zračne luke u Estoniji imaju sovjetsku prošlost, nakon što su napustile strukturu Unije, upravne zgrade, pista, zrakoplovi i vozni parkovi se više puta ažuriraju i rekonstruiraju u skladu s modernim standardima.
Moderna Estonija služi pet zračnih luka, od kojih su tri međunarodne. Kako zemlja ima pristup Baltičkom moru, finski i Zaljev Rige , u sastavu su otoci Saarema i Hiiumaa, tada su potrebni redovni letovi koji povezuju otoke s kontinentom.
Međunarodne zračne luke Estonije udovoljavaju svim standardima za prijam i održavanje letova na većim udaljenostima. Estonska usluga zračne plovidbe u cijelosti je u vlasništvu države i strogo nadgleda sigurnost i kvalitetu putničke službe.
1. Zračna luka Tallinn , Najveća zračna luka u zemlji je glavna zračna luka u Tallinnu - Iulemiste. Nalazi se unutar granica grada, samo 4 km od centra grada. Po prvi put je otvoren i pušten u rad 1936. godine, od tada je organizirano mnogo rekonstrukcije, a 2009. godine je potpuno obnovljeno, nakon čega je postala jedna od nekoliko glavnih zračnih luka u Europi. Nakon konačne obnove, zračne luke dobili su službeni status međunarodne zračne luke Estonije, nazvane po jednom od predsjednika zemlje - Lennart Mary.
Nedaleko od Yulemiste je glavna luka zemlje. Zračna luka ima takve osobitosti:
Sa zračne luke ulemiste postoji javni prijevoz, tako da se autobusi 2 i 65 lako mogu doći do centra grada.
2. Zračna luka Tartu . Tartu je drugi po veličini grad u Estoniji. Gradska zračna luka sagrađena je 1946. godine u blizini sela Yulenurme, zbog čega je još uvijek neslužbeno nazvano ime ovog naselja. Nalazi se 9 km od središta Tartu.
Dugo vremena nakon što se Estonija povukla iz SSSR-a u zračnoj luci Tartu, nije bilo redovnih letova, smatra se dodatnom međunarodnom zračnom lukom u Estoniji. Nakon 2009, redoviti letovi Flybe Nordic do Finske šest puta tjedno od svog teritorija.
Novi putnički terminal Yulenurme izgrađen je 1981. godine, a već je 2005. terminal je redizajniran, a duljina piste povećana je za 1800 m.
Nedaleko od zračne luke Tartu nalazi se Estonska zrakoplovna akademija.
3. Zračna luka Pärnu . Zračna luka nalazi se na maloj udaljenosti od grada Parnu, sagrađena 1939. godine. Nakon ulaska Estonije u SSSR, zračna luka Pärnu bila je korištena kao vojno zračno polje. No od ljeta 1992. godine novoosnovano estonsko Ministarstvo obrane odlučilo je prenijeti zračnu luku za potrebe civilnog zrakoplovstva. Do 1997. godine obavljena je rekonstrukcija piste i upravnih zgrada.
Danas zračna luka Pärnu obvezuje redovne letove unutar zemlje i međunarodnu komunikaciju s Švedskom, uzimajući i uzimajući letove za tjednik u Stockholmu.
4. Zračna luka Kuressaare , Estonska zračna luka Kuressaare služi domaćim letovima, nalazi se na otoku Saaremaa. Njegovo službeno otvaranje bilo je 1945. godine, od tada je postupno obavljena rekonstrukcija. Današnja zgrada putničkog terminala otvorena je 1962. godine. Danas, Kuressaare proizvodi redovite odlaske koji povezuju otok s glavnim gradom države, a tijekom turističke sezone nastavlja se i letovi prema estonskom otoku Ruhnu.
5. Zračna luka Kärdla . Zračna luka Kärdla nalazi se na drugom najvećem estonskom otoku Hiiumaa, nedaleko od istoimenog grada Kärdle. Otvoren je 1963. godine i aktivno je putovao u Zagreb Tallinn , Tartu , Vormsi, haapsalu , Kaunas, Murmansk i Riga , Nakon stjecanja Estonija nezavisnost, zračna luka Kärdla znatno je smanjila broj letova. Danas ovaj zračni terminal radi glatko i redovito, uzimajući letove iz Tallinn.