Pod biocenozom podrazumijeva se sustav odnosa između organizama koji dijele zajedničko područje. U mikrobnim sustavima koristi se izraz "mikrobiocenoza".
Biocenoza vagine javlja se nakon rođenja djevojke. Pri rođenju, vagina je sterilna. Nakon jednog dana pojavljuju se različiti mikroorganizmi. U budućnosti je biocenoza vaginalne formirane uglavnom laktobacilima. Pod djelovanjem estrogena, koju je dobila djevojka iz svoje majke, u vaginu se stvara kiselinski medij. Kasnije, djevojka i žena počinju razvijati svoje estrogene, potičući postojanje kiselog okoliša vagine. Mikroorganizmi koji ulaze u vaginu brzo su depresivni od laktobacila koji žive u najboljim uvjetima za sebe.
Ravnotežni sustav mikroba unutar vagine može se razlikovati iz raznih razloga:
Za vraćanje ravnoteže mikroflore koriste se vaginalni probiotici i vaginalni eubiotici. To su formulacije koje sadrže laktobacili. Sredstva se primjenjuju na vaginalne tampone ili se primjenjuju u obliku vaginalnih supozitorija.