Osobni život Michaela Fassbendera oduvijek je bio vrlo intenzivan, ali čini se da zgodni još nije spreman za podmirenje i dobivanje supruge i djece.
Kao što je često slučaj s radom dvaju glumaca na jednom setu, obično govore o njihovom romanu u stvarnom životu, a ne samo na zaslonu. Neki od njih kasnije pronađu potvrdu, drugi se opovrgavaju. Gotovo sve potencijalne ili stvarne djevojke Michaela Fassbendera bile su njegovi partneri u filmovima.
Dakle, u različito vrijeme bilo je glasina o romanima Michaela Fassbendera i Natalie Portmana ili Mia Wasikowske, ali ni ti ni drugi odnosi nisu bili izvan profesionalnih i postojali samo u umovima senzacionalnih novinara.
Pravi roman povezao je Michaela Fassbendera i njegovog partnera u filmu "Ljudi X: Prva klasa" Zoe Kravitz. Mladi su bili zajedno oko godinu dana, ali kasnije su se razilazili zbog zauzetog rasporeda obaju aktera.
Nakon toga, djevojka Michaela Fassbendera postala je model i glumica Nicole Behari. Njihova je romantika također bila vrlo dugo. Do ožujka 2014, Michael Fassbender sastao se s Madalinom Gene, glumicom i modelom, kao i bivšom djevojkom Gerarda Butlera.
Takav kratki odnos s djevojčicama izazivao je puno glasina da je Michael Fassbender gay. Međutim, sam čovjek se odnosi na njegov previše ozbiljan stav prema radu. Ne može sudjelovati s istim emocionalnim utjecajem u snimanju filmova, kao i sudjelovati u paralelnom uređenju osobnog života. Od kraja 2014. do rujna 2015. glumac se sastao s mladom glumicom Alicia Vicander, ali par se razbio opet zbog neusklađenosti rasporeda i zapošljavanja glumaca.
Međutim, čini se da se sada mladi ljudi odlučili napraviti drugi pokušaj i oživjeti njihov odnos. Ovo je postalo očito na svečanosti dodjele Oscara-2016, kada je Michael nježno poljubio Alicia i čestitao mu na osvajanju nagrade. Informacije o obnovi odnosa kasnije su potvrdili i Alicin otac.